2006（平成18）年５月15日と16日に、新潟市内の医療機関から新潟市保健所に３名のＡ型肝炎の患者が相次いで届出された。また、５月10日に新潟県長岡保健所にも１名のＡ型肝炎の患者が届出されていた。新潟市保健所では、食品を介した集団発生を疑い、調査を開始した。聞き取り調査の結果、長岡の患者を含む４名は、新潟市内の同一の回転寿司店でそれぞれ４月１日、３日（２名）、15日に喫食していたことが確認され、また５月２日（２名）、３日、４日に肝炎を発症していた。保健所ではその寿司店を感染源と疑い、さらに詳しい調査を行い、現在も継続中である。
Ａ型肝炎ウイルスの検査を、寿司店の食品32件と、同従業員20件、患者４件、患者の家族と接触者49件の便を採取し、新潟市衛生試験所、新潟県保健環境科学研究所で行った。検査法はリアルタイムPCR法（ロシュ：ライトサイクラー）またはRT-PCR法（感染研病原体検査マニュアルおよび平成14年８月16日付第081600号による“ふん便及び食品中のＡ型肝炎ウイルスの検査法について”）で行い、陽性の検体についてはシークエンス（Gene Rapid：ダイターミネーター法）を行った後、遺伝子型検索を実施した。
その結果、新潟市保健所に届出のあった患者３名と従業員１名（４月上旬風邪ぎみで医療機関受診）からＡ型肝炎ウイルスが検出された。さらに従業員の妻は寿司店での喫食歴はないが、４月下旬に風邪ぎみで発熱があり、検査の結果、Ａ型肝炎ウイルスが陽性であった。遺伝子解析の結果、いずれも１Ａ型のＡ型肝炎ウイルスで、P1/2A領域の遺伝子塩基配列も一致した。DDBJにおけるBLAST検索では、Serpukhov-2001-10株（Ac.No.AY226610）に近縁であった。食品からはウイルスは検出されず、約１カ月の記憶を遡る喫食状況調査では、４名の患者に共通する食材は確認されなかった。
新潟市保健所は、同店が原因施設のＡ型肝炎ウイルスによる食中毒と断定し、27日から３日間の営業停止処分とした。また、感染拡大を防止するため、５月27日（土）と28日（日）の両日に電話相談窓口を開設し、その結果 400件を超す相談があり、その中には最近同寿司店を利用後、Ａ型肝炎と診断された例が５件（新潟市管内１件、新潟県管内４件：調査後発生届が出された）、発熱、倦怠感などがあり肝炎を疑わせる症状のある人が14名ほどおり、これらの人に対して再受診や検便検査の勧奨等を行った。６月７日現在、電話相談後の検査で陽性者はでていない。
新潟市保健所
新潟市衛生試験所
新潟県福祉保健部
新潟県保健環境科学研究所
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