この指針は南半球の冬（2006年５〜10月）向けのものであり、北半球での2006年11月〜2007年４月のシーズン向けは、2006年２月に発表予定である。
2005年２〜９月のインフルエンザ状況をみると、北半球ではA/H3N2型が主流で、流行のほとんどに関係しており、特に中国と香港で目立った。Ｂ型の流行はアフリカ、アジア地域、東ヨーロッパで発生した。A/H1N1型は東ヨーロッパと中央アジアの数カ国で流行したが、程度はさほどではなかった。南半球では４月に流行が始まり、５月にオセアニア、６月には南アメリカで増加した。これらの地域ではA/H3N2型とＢ型が一緒に流行した。A/H1N1型は低レベルであり、南アフリカで流行が１件報告された。
2004年12月16日〜2005年９月14日の期間に、カンボジア、インドネシア、ベトナムから68例のA/H5N1型患者が報告された（うち25名は死亡）。これらは、家禽における高病原性鳥インフルエンザA/H5N1型の流行に関連があった。これまでのところ、ヒト→ヒト感染伝播が継続的に生じたとする証拠はなく、WHOの警報レベルもフェーズ３のままである。
最近の分離株の抗原性では、A/H1N1型のほとんどはA/New Caledonia/20/99に極めて類似していた。A/H3N2型のほとんどはA/California/7/2004に極めて類似しており、異なる株も少数みられたが、抗原性や遺伝子の分析からは、明らかな抗原変異株の出現を示すものではなかった。Ｂ型では、B/Victoria/2/87系統とB/Yamagata（山形）/16/88系統がほぼ同数であったが、最近では前者の比率が高まっていた。B/Victoria/2/87系統株のほとんどは、B/Malaysia/2506/2004に極めて類似していた。
以上の発生状況および各種ウイルスの特徴から、南半球での2006年シーズン（冬）向けワクチンには、下記の株が推奨される。
| A/New Caledonia/20/99(H1N1)類似ウイルス | |
| A/California/7/2004(H3N2)類似ウイルス* | |
| B/Malaysia/2506/2004類似ウイルス |
(WHO, WER, 80, No.40, 342-347, 2005）
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